An einer Handelsstraße, die Böhmen und Sachsen mit der Ostsee verband, wurde das Dorf Weißensee Anfang des 13. Jahrhundert gegründet. Der fischreiche See bildete die Erwerbsgrundlage der ersten Bewohner. Sie siedelten sich am Ostufer des Sees an. Die Pfarrkirche an der Falkenberger Straße stammt aus diesen alten Tagen.
>In einer Urkunde im Copialbuch des Klosters Lehnin über einen Gütertausch wird 1242 ein Conradus de Wittense mit anderen Personen als Zeugen genannt. Alle in der Urkunde genannten Personen kommen aus einem Umkreis von höchstens 73 km um das Kloster Lehnin, das 1180 von Otto I. gegründet wurde. Das Kloster Lehnin diente als Hauskloster und Grablage der Askanier die die Mark Brandenburg besiedelten. Daher ist zu vermuten das sich hinter dem Conradus de Wittense der Lokator (vom Markgraf eingesetzter Dorfgründer) von Weißensee verbirgt.
Das Rittergut Weißensee
Um 1540 wurde in Weißensee ein Rittergut eingerichtet, das in der Folgezeit mehrere Male geteilt wurde und häufig seine Besitzer wechselte Während des 30-jährigen Krieges (1618-1648) wurde Weißensee mehrmals besetzt so z.B. 1636 und 1639 von den Schweden. 
Nach dem Ende des Krieges leben in Weißensee nur noch 3 Familien. Erst 30 Jahre später wohnen wieder 143 Menschen. Carl Gottlob von Nüßler vereinigte 1745 die getrennten Güter und errichtete am Südufer des Sees ein schlichtes Gutshaus.
Der Verleger Friedrich Nicolai, beschreibt 1786 in seinem Buch "Beschreibung der Königlichen Residenzstädte Berlin und Potsdam, aller daselbst befindlicher Merkwürdigkeiten, und der umliegenden Gegend" folgendes: "Weißensee, ein Dorf, 1 Meile von Berlin, dem Hrn. von Schenkendorf gehörig. Es ist daselbst ein sehr schöner Garten, dem die angenehme Lage an dem großen See, von dem das Dorf den Namen hat, noch mehr Reiz gibt... Es gehet von Berlin dahin eine Allee ..."
Der Dorfkrug, aus dem das spätere "Cafe Rettig" wurde, wird von Carl Gottlob von Nüßler errichtet. Ab 1804 begann man mit dem Bau der "Provinzial-Chaussee" Berlin-Weißensee-Bernau. Allerdings reichten die Mittel nur, um bis nach Weißensee zu kommen. Erste wirtschaftliche Impulse kamen mit dem 1817 von Johann Heinrich Leberecht Pistorius patentierten Brennapparat mit dem Kartoffelschnaps gebrannt wurde. Eine große Feuersbrunst, bei der 8 Menschen starben, verwüstete am 13. und 14. Juli 1823 Teile des Dorfes. 1848 wurde ein zweiter Anlauf genommen um die Straße entlang der heutigen Berliner Allee nach Bernau fertig zustellen.
Anstelle des Gutshauses am Südufer des Sees entstand 1859 ein schlossähnliches Gebäude mit einem Park. Während es alle Immobilienspekulanten Berlins nach Westen zog erwarb 1872 der Hamburger Kaufmann Gustav Adolf Schön das Gut Weißensee für 700 000 Taler. das er parzellierte und weiter veräußerte. Dr. Ernst Gäbler errichtete mit seiner "Gesellschaft für Mittelwohnungen" südöstlich der "Königschaussee" das "Französische Viertel", ein Wohngebiet das heute "Komponistenviertel" heißt.
Die 1872 eröffnete Berliner Ringbahn erhielt 1875 einen Bahnhof Weißensee, den heutigen S-Bahnhof Greifswalder Straße. Am 1. November 1873 fährt der erste Pferdeomnibus vom Alexanderplatz nach Weißensee, allerdings gibt Unternehmer wegen der schlechten Straßen nach kurzer Zeit wieder auf.
1874 wurde das Schloss zu einer Vergnügungsstätte umgebaut, deren Betreiber häufig wechselten. Erst Rudolf Sternecker entwickelt das Unternehmen zu dem viel besuchten "Welt-Etablissement Schloss Weißensee", mit 2 Tanzsälen, einer Rutschbahn, Ballonfahrten, Karussells, Würfelbuden, und verschiedene Bierlokalen. Mit zu diesem Erfolg trug die Pferdeeisenbahn bei, die ab 1877 den Alexanderplatz mit Weissensee verband. Das Schloss wurde 1919 durch einen Brand zerstört.
1875 wurde ein vierzig Hektar großes Areal von der Jüdischen Gemeinde zur Einrichtung eines neuen Begräbnisplatzes Jüdischer Friedhof erworben, der 1880 eingeweiht wurde. Er ist der größte jüdische Friedhof Europas.
1877 errichtete der Berliner Traber-Club auf einem an Heinersdorf grenzenden Gelände die erste Berliner Trabrennbahn. Erste Rennen fanden am 16. und 17. Juni 1878 statt und führten mehr als 12.000 Besucher nach Weißensee. Später wurde sogar eine Sonderlinie der Straßenbahn bis vor die Tore der Rennbahn geführt. Nach mehreren Umbauten und zeitweiligen Schließungen wurden die Rennen 1912 auf neue und modernere Bahnen verlegt.
Aus dem Gutsbezirk Weißensee wurde, bedingt durch sein rasches Wachstum, 1880 die Landgemeinde Neu-Weißensee, die bis 1900 bereits auf über 30.000 Einwohner wuchs.